「真の世界を取り戻す」決意をした少年カイは、各種族の英雄や精鋭たちと出会う中で、この世界を改変した黒幕へと近づく。機鋼種の強敵・マザーDを激戦の末に破った後、カイが手に入れたレコーダーには、預言者シドを名乗る男の声が残されていた。シドから語られる黒幕の真相とはーー。一方、六元鏡光（リクゲンキョウコ）、ヴァネッサ、ラースイーエら三英雄たちが、三種族の思惑が入り乱れる中で衝突を始める。そして、預言神の加護を受けたこの世界の“二人のシド”アーカインとテレジアは三英雄を強襲する機会を伺う。今、この世界は「誰の記憶にもない」局面に突入するーー！