最強の魔王レオニスは、来たるべき決戦に備え自らの存在を封印した。だが、1000年の時を超えて目覚めたとき、彼はなんと10歳の少年の姿に戻っていた！「なんでだ!?」「君、どうしてここに閉じ込められていたの？　もう大丈夫よ。お姉さんが守ってあげる」。〈聖剣学院〉に所属する美少女リーセリアに保護されたレオニスは、変わり果てた世界に愕然。未知なる敵〈ヴォイド〉、〈第〇七戦術都市〉、武器の形をとる異能の力ーー〈聖剣〉。聞き慣れない言葉に戸惑いつつも、彼は〈聖剣学院〉に入学することに。魔術の失われた未来世界で、最強魔王と美少女たちの織りなす聖剣と魔剣の学園ソード・ファンタジーが幕を開ける！