今度は(お嬢様)学校の生徒総動員？『エレメント』から、『聖域』を守れ!上里翔流が消えてから三日。次なる戦いに身をうつした上条だったが、その先に待ち受けていたのは、水着姿の食蜂操祈や御坂美琴をはじめとする、お嬢様だらけの常盤台中学（てんごく）だった……？季節は冬。12月の学園都市ーーにもかかわらず、気温は摂氏50度を超えていた。原因不明の大熱波により、学園都市のインフラ全てが機能停止する中、その『予測不能な脅威』はやってきた。エレメント。灼熱地獄を這う異形の化け物。『暗闇』を好み、停電中の学園都市で次々と生徒を襲う凶暴性を持つ。ヤツらに唯一対抗できる『右手』でもって、上条は吹寄やインデックスの手を借りて激戦地へ向かうも多勢に無勢。そんな窮地に現れたのは、異形の機械『対魔術式駆動鎧(アンチアートアタッチメント）』に包まれたあの少女で……？食蜂操祈を参謀にお嬢様学校総動員で挑む中、上条は『大熱波』と『エレメント』を仕掛けた黒幕の正体に迫っていく！